Ένα από τα σημαντικά προβλήματα που παρουσιάζονται στο Εθνικό Πάρκο Δέλτα Αξιού – Λουδία – Αλιάκμονα είναι η ανεξέλεγκτη απόρριψη μπαζών και σκουπιδιών στη φύση. Παραποτάμια δάση, υγρότοποι, παράκτιες περιοχές, χώροι που παλαιότερα φιλοξενούσαν δραστηριότητες αναψυχής, σήμερα έχουν μετατραπεί σε σκουπιδότοπους.
Σε πολλά σημεία της προστατευόμενης περιοχής βρίσκονται διασκορπισμένα κάθε είδους απορρίμματα, τα οποία αποτελούνται κυρίως από μπάζα, ογκώδη αντικείμενα(όπως παλιά έπιπλα, είδη υγιεινής, παλιές ηλεκτρικές συσκευές, ξύλα κ.λ.π.), λάστιχα (αυτοκινήτων, φορτηγών, τρακτέρ), λαμαρίνες, πλαστικά (βαρέλια, μπιτόνια, νάιλον) και οικιακά σκουπίδια. Αξίζει να αναφερθεί ότι το πρόβλημα δεν εντοπίζεται εντός των ορίων των ΧΑΔΑ των οικισμών της περιοχής, αλλά ουσιαστικά σε κάθε σημείο της περιοχής που δεν καλλιεργείται ή δεν χρησιμοποιείται με οποιονδήποτε τρόπο.
Πρόκειται για απορρίμματα που προκύπτουν από ανεξέλεγκτες απορρίψεις ιδιωτών και επαγγελματιών μεταφορέων, συσσωρεύονται στην παράκτια ζώνη από τον κυματισμό της θάλασσας ή έχουν παραμείνει στην περιοχή μετά την εγκατάλειψη κάποιας δραστηριότητας (παλιές κτηνοτροφικές εγκαταστάσεις, καλύβες ψαράδων κ.λ.π.). Τα περισσότερα σκουπίδια υπάρχουν εκεί όπου υπάρχει ευκολότερη οδική πρόσβαση, δηλαδή κοντά στους οικισμούς, κοντά και γύρω από τις υφιστάμενες χωματερές και κοντά σε βιομηχανικές εγκαταστάσεις (Γαλλικός - Καλοχώρι), πάντα όμως σε περιοχές που δεν έχουν γεωργικές χρήσεις. Μάλιστα, το τελευταίο διάστημα το φαινόμενο έχει ενταθεί στην κοίτη του Γαλλικού ποταμού, κάτω από την Εθνική οδό, όπου ιδιώτες πετούν εντατικά σκουπίδια και ογκώδη αντικείμενα.
Σύμφωνα με την καταγραφή, κατηγοριοποίηση και αδρή ογκομέτρηση των θέσεων ή περιοχών με σκουπίδια μέσα στην προστατευόμενη περιοχή, την οποία πραγματοποίησε ο Φορέας Διαχείρισης, υπολογίζεται ότι το 2008 υπήρχαν περίπου 18.000 κ.μ. απορριμμάτων, συγκεντρωμένα σε 84 σημεία στον υγρότοπο.
Οι επιπτώσεις από τα παραπάνω απορρίμματα είναι η άμεσα ορατή υποβάθμιση του τοπίου και της αισθητικής της περιοχής σε τέτοιο βαθμό ώστε αποτρέπεται ο πολίτης να την χρησιμοποιήσει για αναψυχή ή για παρατήρηση της φύσης. Σημαντικότερη όμως επίπτωση, αλλά ίσως όχι άμεσα ορατή είναι το ρυπαντικό φορτίο που διηθείται στον υπόγειο υδροφόρο ορίζοντα ή ξεπλένεται με τα νερά της βροχής ή τα νερά των ποταμών και ρεμάτων στον Θερμαϊκό κόλπο. Είναι χαρακτηριστικό ότι «αθώα» κατά την αντίληψή μας απορρίμματα, όπως τα μπάζα που προκύπτουν από την κατεδάφιση ενός παλιού σπιτιού, περιέχουν τοξικές ουσίες οι οποίες εκλύονται στο περιβάλλον.