Τις τελευταίες δεκαετίες έχει καταγραφεί μείωση κατά 50% της συνολικής ποσότητας γλυκού νερού που πέφτει στον Θερμαϊκό λόγω της συνολικής μείωσης της παροχής νερού των ποταμών που οφείλεται κυρίως στις αυξημένες ανάγκες για άρδευση και στα υδροηλεκτρικά φράγματα του Αλιάκμονα (Galinou-Mitsoudi et al 2006). Περίπου 87% από το νερό που «αφαιρείται» από τα ποτάμια χρησιμοποιείται για την κάλυψη των αναγκών σε άρδευση. Μεγάλη κατανάλωση νερού επίσης έχει και η βιομηχανική δραστηριότητα. 

Η παροχή του Αλιάκμονα εξαρτάται ουσιαστικά από τις ανάγκες της Δ.Ε.Η. που ελέγχει τα ανάντη φράγματα αλλά και από τις ανάγκες σε αρδευτικό νερό της πεδιάδας των Γιαννιτσών και του δυτικού κάμπου Θεσσαλονίκης. Η παροχή του Αξιού μειώνεται τόσο δραματικά του καλοκαιρινούς μήνες, λόγω απόληψης νερού για άρδευση, που παρατηρείται περιοδική ξήρανση του ποταμού. Τις τελευταίες δεκαετίες η μέση ετήσια παροχή του Αξιού έχει μειωθεί περισσότερο από 30% (Karageorgis et.al. 2005). 

Ο Γαλλικός με σχεδόν μηδενική παροχή στο παρελθόν παρουσιάζει σήμερα κάποια ροή (λόγω της υπερχείλισης) ενώ στις εκβολές του εξακολουθεί να υφίσταται το πρόβλημα των εδαφικών καθιζήσεων και της εισροής της θάλασσας. 

Παράλληλα με την λειψυδρία στα επιφανειακά νερά, χειρότερη ίσως είναι η κατάσταση στους υπόγειους υδροφόρους ορίζοντες όπου η στάθμη έχει πέσει σημαντικά τα τελευταία χρόνια. Το πρόβλημα αυτό συνδέεται άμεσα και με την υφαλμύρωση των εδαφών και υπόγειων υδροφορέων. Παράλληλα με την λειψυδρία που οφείλεται σε ανθρωπογενείς παράγοντες τα προβλήματα εντείνονται λόγω της παρατηρούμενης ξηρασίας των τελευταίων ετών.

Υφαλμύρωση

Η υφαλμύρωση είναι μία διαδικασία κατά την οποία το νερό της θάλασσας ρέει υπόγεια και εισχωρεί στα υπόγεια στρώματα νερού σε μεγάλη απόσταση από την ακτή. Αυτό συμβαίνει όταν ο ρυθμός άντλησης του υπόγειου νερού είναι μεγαλύτερος από τον ρυθμό αναπλήρωσής του, οπότε και εισρέει το θαλασσινό νερό (Νάνου-Γιάνναρου 2001).
 
Αποτέλεσμα είναι τα υπόγεια γλυκά νερά να γίνονται υφάλμυρα και να είναι πια ακατάλληλα για πόση αλλά ακόμη και για άρδευση. Επιπλέον η υφαλμύρωση είναι μεγάλο πρόβλημα γιατί υποβαθμίζει την ποιότητα των εδαφών και σε ακραίες περιπτώσεις μπορεί τα χωράφια να γίνουν εντελώς άγονα. Είναι ένα πρόβλημα που απασχολεί σοβαρά τις εύφορες πεδινές περιοχές της χώρας κι εκτιμάται ότι η κατάσταση επιδεινώνεται συνεχώς (Φάμελλος κ.α. 2006). 

Τα αίτια της υφαλμύρωσης μπορεί να είναι φυσικά (π.χ. γεωλογικό υπόστρωμα, ανύψωση της στάθμης της θάλασσας, ξηρασία) ή ανθρωπογενή (υπεράντληση υπόγειων νερών, λειψυδρία) ή και συνδυασμός των δύο παραπάνω. 

Στην πεδιάδα του Αξιού το πρόβλημα είναι ιδιαίτερα έντονο γιατί τους καλοκαιρινούς μήνες πρακτικά μηδενίζεται η παροχή του ποταμού στα τελευταία 10 χλμ. της κοίτης του οπότε και εισχωρεί η θάλασσα με την παλίρροια (Zalidis 1998, Φάμελλος κ.α. 2006). Η υφαλμύρωση έχει επηρεάσει σημαντικά και τη σύνθεση της χλωρίδας και των οικοτόπων στην περιοχή του Δέλτα του Αξιού.