Η βόσκηση κτηνοτροφικών ζώων σε υγροτόπους είναι μία παραδοσιακή πρακτική που εφαρμόζεται σε πολλούς υγροτόπους στην Ελλάδα και στη Μεσόγειο. Όχι μόνο είναι συμβατή με τις λειτουργίες ενός υγροτόπου, αλλά με σωστή διαχείριση μπορεί να αποτελέσει ένα πολύτιμο εργαλείο για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας (Τσουγκράκης 1994). 

Στο παρελθόν, ο ρόλος της κτηνοτροφίας ήταν πολύ σημαντικός για την οικονομία της περιοχής του Αξιού. Μετά την δεκαετία του ’50, αλλεπάλληλοι αναδασμοί κι εγγειοβελτιωτικά έργα έχουν συρρικνώσει τις διαθέσιμες για βόσκηση περιοχές κι έχουν αποδώσει στην γεωργία μεγάλες εκτάσεις που προηγουμένως ήταν υγρότοποι. Έτσι τα τελευταία 50 τουλάχιστον χρόνια οι κάτοικοι των γύρω περιοχών έχουν στραφεί προς την γεωργία που είναι πολύ πιο αποδοτική.
 
Σήμερα, στην προστατευόμενη περιοχή, η ελεύθερη κτηνοτροφία ασκείται σε μία στενή λωρίδα γης κατά μήκος του παραλιακού αναχώματος Καλοχωρίου – Χαλάστρας, κατά μήκος των ποταμών Γαλλικού, Αξιού και Αλιάκμονα εκατέρωθεν της κοίτης και μέσα από τα προστατευτικά αναχώματα, στην περιοχή του Αιγινίου και στη νότια πλευρά της Αλυκής Κίτρους.
 
Έτσι οι πολυτιμότερες από άποψη βιοποικιλότητας περιοχές του πάρκου, που φιλοξενούν τα ομορφότερα τοπία και τα σπανιότερα πουλιά, δέχονται ασφυκτική πίεση από τη βόσκηση των κτηνοτροφικών ζώων (αγελάδες στο μεγαλύτερο ποσοστό, πρόβατα και λίγα κατσίκια). 

Παρ ’ότι τα παλαιότερα χρόνια τα βόσκοντα ζώα μπορεί να ήταν περισσότερα σε απόλυτους αριθμούς, εντούτοις σήμερα υπάρχει μεγάλο πρόβλημα από την υπερβόσκηση γιατί οι διαθέσιμες για ελεύθερη βόσκηση εκτάσεις είναι πολύ λιγότερες με αποτέλεσμα να υπάρχει μεγαλύτερος αριθμός ζώων ανά μονάδα επιφάνειας, από ότι στο παρελθόν. 

Οι κυριότερες επιπτώσεις που προκαλούνται είναι: 

* καταστροφή της βλάστησης είτε άμεσα από την βόσκηση είτε από το ποδοπάτημα των ζώων,
* ποδοπάτημα φωλιών και νεοσσών των ειδών πουλιών που φωλιάζουν στο έδαφος (π.χ. αβοκέτα, νεροχελίδονο, Goutner et al 2005)
* συμπίεση του εδάφους σε βαθμό που δεν μπορεί να φυτρώσει τίποτα
* ρύπανση των νερών από τα απόβλητα της κάθε στάνης
* αυθαίρετες κατασκευές
* ατυχήματα στα άγρια άλογα της περιοχής από περιφράξεις με σύρμα που δεν είναι εύκολα ορατές
* φωτιές 

Λόγω της υπερβόσκησης έχει αλλοιωθεί η δομή της παραποτάμιας βλάστησης, με αποτέλεσμα να μην μπορούν να αναγεννηθούν δέντρα όπως λεύκα, ιτιά, σκλήθρο και άλλα. 

Μαζί με το πρόβλημα της υπερβόσκησης, έρχονται και οι κάθε είδους αυθαίρετες πρόχειρες κατασκευές από άχρηστα υλικά που χρησιμεύουν σαν στάνες και ήρθαν να αντικαταστήσουν τις παραδοσιακές και πιο υγιεινές για τα ζώα, καλαμένιες στάνες. Επιπλέον για την «βελτίωση» των λιβαδιών, μπαίνουν κατά καιρούς φωτιές στους θαμνώνες.
Στόχος μίας σωστής διαχείρισης δεν είναι ο αποκλεισμός των κτηνοτροφικών ζώων από τους υγροτόπους, καθώς κάτι τέτοιο έχει αποδειχτεί ότι δεν έχει πάντα θετικά αποτελέσματα στην προστασία της βιοποικιλότητας.