Οι καταγραφές που έχουν γίνει ως τώρα έδειξαν την παρουσία 29 ειδών ερπετών (χελώνες, φίδια, σαύρες) και δέκα ειδών αμφιβίων (φρύνοι, βάτραχοι και τρίτωνες).
Τα κυριότερα είδη ερπετών είναι η Ονυχοχελώνα Testudo hermanni, η οποία ζει στα λιβάδια, στα θαμνοτόπια και τα ανοιχτά δάση, η Γραικοχελώνα Testudo graeca, η Βαλτοχελώνα του γλυκού νερού Emys orbicularis, η οποία προτιμά κυρίως τα στάσιμα νερά ή τα αργής ροής νερά με ανεπτυγμένη υδρόβια και παρόχθια βλάστηση και η Ποταμοχελώνα Mauremys caspica η οποία βρίσκεται οπουδήποτε υπάρχει γλυκό ή υφάλμυρο νερό και είναι περισσότερο προσαρμοσμένη από την βαλτοχελώνα στα ρυπασμένα νερά.
Η σημαντικότερη περιοχή για την ερπετοπανίδα είναι η λιμνοθάλασσα της Αλυκής Κίτρους, όπου εκτός από χελώνες υπάρχουν διάφορα είδη σαυρών, όπως η τρανόσαυρα Lacerta trilineata και φίδια όπως ο λαφιάτης Elaphe quatuorlineata και η οχιά Vipera ammodytes.